L’edificio ha una vicenda storica lunga e complessa che ne ha marcato l’impianto architettonico, frutto di rimaneggiamenti avvenuti in diverse epoche. Al Medioevo appartiene la torre, elemento primitivo del castello; quattrocentesco è invece il corpo di fabbrica che ad essa si appoggia, famoso per i suoi splendidi affreschi: uno dei pochi esempi a soggetto profano giunti fino a noi.
Sei e settecentesca è infine l’ala che conferisce all’impianto, un tempo difensivo, l’aspetto di una vera e propria dimora nobiliare di campagna.
Di proprietà del Comune di Varese, il Castello di Masnago è sede dal 1995 della collezione di arte moderna e contemporanea dei Musei Civici di Varese. Allestita nella parte più antica dell’edificio, la collezione d’arte comprende opere di pittura, scultura e grafica che spaziano dal XVI secolo ad oggi. Le opere riguardano prevalentemente artisti di area lombarda e italiana ponendo volutamente l’accento su firme locali, ma pienamente capaci di inserirsi nel contesto culturale europeo del loro tempo.
Nucleo portante delle raccolta sono le donazioni pervenute da illustri famiglie lombarde e dagli artisti stessi. La sezione di arte antica comprende opere barocche e rococò, come quelle di Carlo Francesco Nuvolone e Pietro Antonio Magatti; l’Ottocento è rappresentato, tra gli altri, da protagonisti di quel secolo come Francesco Hayez o i pittori della Scapigliatura Tranquillo Cremona e Daniele Ranzoni. Il Novecento è introdotto da dipinti divisionisti di Giacomo Balla, Emilio Longoni e Giuseppe Pellizza da Volpedo, mentre è particolarmente significativa la selezione di artisti varesini da Giuseppe Montanari, a Federico Gariboldi, a Domenico De Bernardi o Innocente Salvini. Ad anni più recenti risalgono le opere di Renato Guttuso, Enrico Baj, Emilio Tadini, Vittorio Tavernari, Dadamaino e Floriano Bodini.
L’allestimento, che procede in ordine cronologico, intende creare connessioni culturali tra le opere esposte, oltre che tra queste e il territorio. La particolarità della struttura antica è valorizzata creando accostamenti poetici ed evocativi, tramite un dialogo inedito tra opere d’arte contemporanea e affreschi tardo medioevali.
L’ala sei-settecentesca è invece destinata a spazio espositivo dove si svolgono mostre temporanee e laboratori didattici. Il Castello è circondato da uno splendido parco attrezzato aperto al pubblico.